События происходят в конце смутного периода Бакумацу, когда свергалась власть сёгуната и власть переходила к императору. Но это сейчас мы знаем, что и как было в то время, а тогда будущее Японии представлялось неопределённым и запутанным. Но почему же сёгунат так долго правил Японией? Герои этого аниме сумели разгадать секрет их властвования. Клан Токугава из поколения в поколение передаёт Хронометр - легендарное сокровище, которое даёт возможность управлять временем. С его помощью и осуществлялось правление страной.
Шинсаку Такасуги и его партнёр Когоро Кацура решили пробраться на корабль, управляемый Йошинобу Токугавой, чтобы выкрасть легендарный Хронометр и уничтожить его, дабы никто больше не пользовался его силой. Но едва им удаётся подержать Хронометр в руках, как его крадёт таинственная женщина в чёрном одеянии. Начатое дело нужно завершить, и Шинсаку с Когоро отправляются вслед за незнакомкой в Киото, сердце сёгуната, где им предстоит положить конец долгому правлению клана Токугава.
